После того как умер последний из Бабенбергов, в 1246 году к власти в Австрии и в Вене пришел король Богемии Оттокар II Пржемысл (Ottokar II. Przemysl). Как самый сильный князь империи и курфюрст он надеялся с помощью папы римского заполучить корону империи.
Однако когда в 1273 году Римским королём был избран высмеиваемый как бедный граф отец-прародитель всей последующей династии Габсбургов король Рудольф I фон Габсбург (Rudolf I. von Habsburg), Оттокар отказывался признать его, пока в 1276 году ему не пришлось покориться. С этого момента образ города определяли Габсбурги (в течение более 600 лет). Это можно воспринимать и буквально, поскольку Рудольф впервые систематически включал в политику империи города и бюргерство. Была расширена финансовая система, а для получения денежных средств были назначены внеочередные налоги; одним словом, были очевидны первые шаги экономико-политической системы.

В 1296 году Вена получила новое правовое положение города, повлекшее за собой расцвет, который был прерван чумой 1349 года. К формированию крупного города Вены относятся создание таких институтов мирской власти, как монетный двор и суд, так и церковные учреждения, становление основных элементов общества – наследных граждан, иногородних торговцев и «чужих» ремесленников, а также проживающего в гетто еврейского населения, и, что также нельзя забывать, раннее развитие образованных слоёв населения благодаря древнейшему основанному в немецкоязычном регионе университету.
Изначально основанный в 1365 году при сложных обстоятельствах Венский университет (Карл IV сначала успешно сопротивлялся, принимая во внимание Прагу, созданию теологического факультета), – приобретал всё большее значение как «замечательная обитель естественных наук» и (с 1500 года) гуманизма. В XIV столетии образ города был готизирован, что среди прочего отразилось в готическом новом строении собора Св. Стефана. По мере того, как в XV веке значение города как центра Габсбургской империи, несмотря на экономические кризисы, постоянно росло – среди прочего и потому, что в 1438-1439 гг. Вена была возведена в ранг резиденции Священной Римской империи, а в 1469 году – резиденции епископа, – расширение города из-за Дуная было возможным только в западном направлении. Кроме моста через реку Вена в XV веке существовал только один-единственный деревянный мост через западный рукав Дуная, на месте сегодняшнего Шведского моста, который после сильных половодий и ледоходов приходилось постоянно отстраивать заново. Несмотря на это, в период позднего Средневековья Вена была сравнительно роскошно обустроенным городом, так почти на всех улицах и площадях были мостовые из мягкого песчаного камня. Свой собственный «навозный судья» должен был следить за чистотой, прежде всего на рыночных площадях – такой порядок в то время можно было встретить далеко не везде. Как резиденция немецких королей и римских императоров Вена была частично резиденцией имперских органов власти и резиденцией центральных органов власти подрастающей до статуса великой державы Габсбургской империи. С 1485 по 1490 год около 20.000 – 25.000 жителей Вены находились под властью венгерского короля Маттиаса Корвинуса (Matthias Corvinus).